Program Phare - čezmejno sodelovanje je bil usmerjen v obmejna območja Slovenije in namenjen predvsem naložbam, ki naj bi omogočile zmanjšanje razlik v razvitosti obmejnih področij z Italijo, Madžarsko in Avstrijo.

S programom Phare čezmejnega sodelovanja v Sloveniji je bilo omogočeno uresničevanje različnih ciljev. Na prvem mestu je bilo zagotavljanje socialne in ekonomske kohezije obmejnih območij, ki bi omogočila zmanjševanje razlik v gospodarski razvitosti na obeh straneh sedanje državne meje in njihovo komplementarno razvojno dinamiko. Drugi cilj je bil pridobivanje potrebnih izkušenj in ustvarjanje pogojev za črpanje sredstev iz Strukturnih skladov EU po vključitvi med polnopravne članice EU. Predpristopni instrumenti so pomenili poleg pomembnega finančnega vira namenjenega razvojnim projektom, hkrati tudi edinstveno priložnost za seznanitev z načini in postopki priprave in izvajanja projektov, kot to zahteva regulativa za področje strukturne politike EU. Regionalna politika se v EU namreč uresničuje preko politike strukturnih skladov, kohezijske politike in politike konkurenčnosti v okviru notranjega trga EU.